根据史料记载，东突厥斯坦的维吾尔人的历史可追溯到4000年以上。在这块土地上，维吾尔人的祖先和其他的当地人民曾经建立过许多属于他们自己的，独立的王朝，使这块土地拥有了繁荣昌盛的，辉煌的过去。位于丝绸之路中段的这块土地上，维吾尔人在促进东西方文化的交流上扮演了极其重要的角色，并发展了他们自己的独特的文化与文明。
同中亚的其他的突厥语系的民族一样，在维吾尔人的早期历史上，也曾经信仰过萨满教，摩尼教和佛教。从公元一世纪直到伊斯兰教来临之前，东突厥斯坦是一个重要的佛教文明的中心。
维吾尔人和穆斯林的接触并信仰伊斯兰教是在9 世纪初开始，继而于黑汗王朝时期成型的。当时的黑汗王朝的首都喀什噶尔很快就变成了一个以学习伊斯兰教的主的文化中心。伊斯兰教的先进的制度提升了地区的先进文明。开创了艺术、科学、音乐和文学作品领域方面繁荣。在这段时期，出现了数以百计有名望的维吾尔学者，诞生了上千部不朽的著作。其中，维吾尔学者玉素福·哈斯·阿吉普著的《福乐智慧》１０６９－１０７０；默哈默德·喀什卡尔了著的《突厥语大辞典》是最为著名的两部著作。
清朝入侵
１７５９年，独立的萨伊德王朝，又称亚尔肯特王朝，被当时中国的统治者清朝入侵并以军垦区的形式维持到１８６２。在这段时期，东突厥斯坦的维吾尔人和其他的当地人民为了重新获得独立与主权，与外来入侵者展开了英勇的，坚持不懈的斗争。共组织了４２次起义。最终于１８６４年赶走并建立了野特夏哈尔王朝，又称七域之国。遗憾的是，这次独立没有持续太久。满清政府于１８７６年再次入侵，经八年的浴血奋战，东突厥斯坦于１8８４年１１月１８日 被正式划入清朝的版图，并且改名为新疆。
中国在东突厥斯坦的统治
满清王朝于１９１１被国民政府推翻之后，东突厥斯坦落入了军阀和满清王朝的最后一个总督手中。此时，中央政府并没有实际控制东突厥斯坦。维吾尔人，为重新获得自由并在这种意志的激励下，经过多次和长期艰苦的卓绝斗争，分别于１９３３年和１９４４年两次建立了独立的共和国，但是，这两个政权在当地中国军阀和中共的军事入侵以及苏联的政治阴谋配合下被推翻了。
１９４９年，中国人民解放军入侵并最终征服了东突厥斯坦共和国，剥夺了东突厥斯坦人民的命运。中共后来在这块土地上建立了新疆维吾尔自治区。
东突厥斯坦自被中共统治以来陷入了历史上最黑暗的时期，维吾尔人的生存权利受到了严重的威胁。中共政府为了实现其对东突厥斯坦的永久霸占，用尽了各种邪恶的手段来对付维吾尔及其他当地人民。
在自己的身份和生存权利受到中共惨无人道的破坏和野性般的威胁下，维吾尔人和其他的当地人民共同拒绝屈服于中共的统治，高举着他们的祖先传递给他们的抗拒的火炬，与中共入侵者进行着不屈不饶的反侵略斗争。
